La fondazione dell’Abbazia di San Paolo d’Argon risale al 19 maggio del 1079, quando Giselberto, appartenente ad un ramo della famiglia dei conti di Bergamo, stipula l’atto di donazione a favore del convento di San Pietro a Cluny di un terreno attiguo al monte di Argon, affinché vi sia eretto un monastero dedicato agli Apostoli Paolo e Pietro. Il convento viene costruito in tempi brevi, tanto che le prime testimonianze della sua presenza sono del 1092.
Dopo un periodo di relativo decadimento nel corso del XIV secolo, nel 1466, per ordine di papa Paolo II, il monastero è dato in commenda a Giovanni Battista Colleoni, nipote del condottiero Bartolomeo, che due decenni più tardi rinuncia però al godimento del beneficio ed offre il convento alla Congregazione di Santa Giustina di Padova (denominata pochi anni dopo Cassinese). L’annessione è sancita il 14 maggio 1496 con una bolla di Alessandro VII in cui si stabilisce anche che al superiore del monastero spetti il titolo di abate.
I nuovi monaci si impegnano ben presto a ristrutturare l’edificio, che mantiene inalterata la struttura sino al 1512, anno della prima ricostruzione. Con questo intervento nasce il chiostro piccolo, mirabile per le perfette proporzioni rinascimentali, l’eleganza delle decorazioni in cotto e la raffinatezza dei capitelli delle colonne: tutti elementi che suggeriscono il nome del maggior architetto bergamasco del tempo Pietro Isabello (o Cleri) detto Abano, cui spettano con sicurezza ambienti successivi dell’edificio.
L’abate Gregorio di Mantova commissiona tra il 1532 e il 1536 all’Isabello il refettorio comunitario che si apre sul lato meridionale del chiostro, trasformato nel ‘900 in cappella. È probabilmente ancora l’Isabello a ideare il secondo chiostro del convento, voluto dal medesimo abate negli stessi anni.
Il progetto iniziale prevedeva una pianta quadrata con 40 colonne. La forma attuale, con 32 colonne e forma rettangolare, è stata stabilita al momento dell’edificazione, avvenuta durante l’abbaziato di Cassiodoro di Novara (1536-1540). L’abate Fulgenzio da Mantova, a capo del monastero dai 1599 al 1602, fa erigere sul lato Sud – Est del chiostro grande un nuovo refettorio, destinato a sostituire quello del chiostro minore, di cui non si conosce il progettista. Tra il 1608 e il 1613 il cortile maggiore del convento viene completato con la costruzione della parte orientale: in essa si aprono tre grandi ambienti tra cui la Sala Capitolare. Negli anni successivi l’intervento più significativo si deve all’abate Barbisoni di Brescia, che tra il 1624 e il 1627 fa decorare la volta a sesto ribassato del refettorio nuovo al pittore veronese Giovanni Battista Lorenzetti. Il 6 giugno 1797 Napoleone Bonaparte, accampato a Mombello, emana un’ordinanza che porta alla soppressione del monastero. I beni sono incamerati dall’Ospedale di Bergamo.
Ridotto a casa colonica, nel 1935 il monastero viene acquistato dai coniugi Giovanni e Luigina Prometti che ne fanno dono al Vescovo Adriano Bernareggi il quale ne destina il corpo principale al Patronato San Vincenzo di don BepoVavassori.
Nel 1978 il complesso sempre ad opera di Don Bepo diviene Centro di spiritualità.
